11 декабря 2012 года остановила операционную деятельность и прекратила полеты авиакомпания «Кубань». Полеты прекращены в 00.00 11 декабря 2012 года. В компании сложились неблагоприятная ситуация.

Не смогли снизить себестоимость перевозок, чтобы они были рентабельны. Субсидирование из бюджетов разных уровней оказалось несовершенным, поэтому сложилась тяжелая финансовая ситуация. К тому же в конце ноября 2012 года вступили в силу новые Федеральные авиационные правила, по которым, авиакомпания, осуществляющая регулярные воздушные перевозки должна иметь 8 самолетов вместимостью 55 и больше кресел. Данные правила компания выполнить не смогла. При таких обстоятельствах дальнейшая деятельность компании стала не возможна. Руководство приняло решение о прекращении операционной деятельности, но будет продолжать работать с администрацией Краснодарского края, чтобы уменьшить проблемы, связанные с отменой рейсов. Авиакомпания «Кубань» обратилась в Арбитражный суд Краснодарского края с заявлением о признании ее банкротом. Все финансовые проблемы будут рассматриваться в процессе по управлению банкротством авиакомпании. Не исключено, что авиакомпанию «Кубань» приобретет ОАО «Аэрофлот-российские авиалинии».